C'est au haut Moyen Age qu'apparaît la première mention de la ville : « Actum in Villa Gebunwillare ». Les historiens pensent que le site est apparu à proximité d'un gué et de la voie romaine nord sud longeant le piémont vosgien. Puis l'on perd ce Gebunwillare de vue jusqu'au XIIe siècle. A cette époque, les abbés féodaux de Murbach installent quelques ministériaux dans des maisons fortes. Chargés de l'administration et de la justice, ces fonctionnaires sont les relais du pouvoir seigneurial.

Guebwiller doit son origine à une villa (un domaine agricole) mentionnée en 774 dans un acte de donation en faveur de l'abbaye de Murbach. Cette dernière a vu le jour un demi siècle avant cette mention. Comme le rappelle Georges Bischoff, « la villa de Guebwiller centralise probablement une bonne part des revenus de l'abbaye, mais elle ne constitue pas encore une agglomération véritable ».
Brigitte Schick.
L'an 1182 voit la construction de l'église romane Saint Léger et le château urbain du Burgstall est édifié en 1230. Les remparts apparaissent vers 1270, en plein Interrègne. Grâce à eux, les Guebwillerois obtiennent des privilèges : l'abbé Berthold de Steinbrunn accorde à ses sujets une certaine liberté à condition qu'ils versent annuellement un impôt collectif de 40 marks d'argent. Ce contrat daté de 1275 est considéré comme l'acte de constitution de la ville de Guebwiller.
Les abbés de Murbach, tous d'origine noble, entretiendront des relations houleuses avec leur ville qui tentera de s'affranchir progressivement de la tutelle abbatiale. Y ayant réussi partiellement et promue au rang de ville, la cité médiévale doit faire face à diverses agressions : en 1376, les troupes « anglaises » d'Enguerrand de Coucy l'assiègent, Coucy prétendant avoir des droits sur la région du fait de sa parenté avec les Ferrette et les Habsbourg. Mais les Guebwillerois repoussent ces soudards.
Dans la nuit du 13 au 14 février 1445, c'est au tour des Armagnacs d'être refoulés. La tradition met en exergue le courage de Brigitte Schick qui, entendant du bruit alors que les sentinelles se sont assoupies, monte aux créneaux et alerte ses concitoyens qui mettent en déroute la soldatesque du dauphin Louis, futur Louis XI.

Le poids de Murbach.
En 1447, lors de l'élection du prince abbé Barthélemy d'Andlau, les Guebwillerois entrent en rébellion et revendiquent plus de liberté politique et financière. Mais, en digne seigneur de la Renaissance, le prélat autocrate mate l'insoumission et met la ville au pas dès l'année suivante. Dans ce contexte, on comprendra aisément que les habitants de la ville aient accordé du crédit au soulèvement paysan de 1525. La population souhaite passer à la Réforme, mais l'abbé met bonne fin à ces velléités en faisant condamner quelques bourgeois luthériens au bûcher.
Comme de nombreuses villes alsaciennes, Guebwiller subit de plein fouet la Guerre de Trente Ans, notamment durant les campagnes de 1633 à 1635.
En 1764, les moines de Murbach s'installent à Guebwiller même. Georges Bischoff écrit à ce propos : « Au moment où l'abbaye, devenue chapitre équestral, est transférée à Guebwiller, les bourgeois subissent plus directement encore la tutelle seigneuriale. »

La proximité de l'autorité engendre des crises, dont une émeute, vite étouffée, en 1767.
En 1789, la Neuenbourg, résidence abbatiale, tombe aux mains des révolutionnaires. Une page est alors définitivement tournée et la ville va se consacrer à son développement économique, lié plus particulièrement à la viticulture et à l'industrialisation.
Trois portes.
Avec ses 38 ha, la ville médiévale de Guebwiller était plus grande que Mulhouse ou Obernai. Ses remparts, érigés durant le Grand Interrègne et achevés en 1287, délimitaient un quadrilatère régulier long de 1100 m et large de 300 m. Ils étaient équipés d'une galerie et d'un parapet crénelé. Des fentes de tir étaient pratiquées dans la muraille à intervalles réguliers.

A l'époque, les entrées de la ville sont défendues par trois portes : la porte basse (Untertor), la plus importante, donne accès au vignoble et à la plaine, au nord est. Il s'agit d'une tour carrée coiffée d'un toit à quatre pentes couronné d'un clocheton. Déjà équipée d'un pont levis, elle est pourvue d'une barbacane lors de l'avènement des armes à feu. Ruinée durant la Guerre de Trente Ans, la porte basse est restaurée avant d'être démolie en 1804 pour servir de carrière.
La porte haute, située à l'ouest et donnant sur le fond de vallée, est démolie en 1765.
La troisième porte, appelée Brackentor, communique avec les autres bailliages de la principauté, c’est à dire Wattwiller et Saint Amarin. Selon Gardner, elle doit sa dénomination aux chiens de chasse braques qui composaient les meutes abbatiales, à moins qu'il ne s'agisse d'une allusion au blason de l'abbaye décrit ainsi en 1525: «Die Stift Muorbach het einen schwarzen Hund. Der het iren vil gebissen» (en référence à la réaction de l'abbé face aux revendications des paysans en révolte). Bien que démolie en 1779, cette porte ne disparaît qu'après 1850.
Plusieurs tours flanquent les remparts le Kappel Erker, à l'angle sud est ; le Segelin Erker, à l'angle sud ouest ; le Goldbach Erker, au nord est de la ville ; le Schueler Erker, le Beates Miller Erker, le Spitalmühl Erker et le Blindmichel Erker, sur le front nord.
De tous ces remparts, de toutes ces tours et de toutes ces portes, il ne reste plus aujourd'hui que quelques morceaux de murs, témoins dérisoires d'une histoire mouvementée.